Zkušený záložník začínal kariéru v pražské Spartě. Za letenský celek v nejvyšší soutěži debutoval a působil zde až do sezony 2010/11, pak se přes rakouskou Admiru přesunul do plzeňská Viktorie. Po dvouletém působení v Příbrami, kde během sezony 2014/15 zaznamenal Zeman pět branek a 12 nahrávek, a ročním působení ve švýcarském Sionu, se vrátil do kádru Západočechů.
Po třech sezonách, v nichž Plzeň dvakrát skončila druhá a jednou brala mistrovský titul, se Martin Zeman přes krátké izraelské angažmá přesunul zpět do Příbrami. Během podzimní části sezony odehrál 18 zápasů, v nichž třikrát nahrával na gól (jednou dokonce proti Slovanu). Zároveň byl vyhlášen třikrát hráčem utkání.
Dohromady Zeman odehrál v české nejvyšší soutěži 11 sezon (165 zápasů), zapsal 10 ligových branek a 33 gólových asistencí. Ve Slovanu bude působit minimálně do konce aktuální sezóny.
